元素分析技术会遇到必须纠正或补偿的干扰，以获得足够的分析结果。
在XRF光谱测定中，主要干扰来自物质中可能影响（矩阵效应）感兴趣元素分析的其他特定元素。然而，这些干扰是众所周知的并记录在案；并且系统软件中的仪器升级和数学校正可以轻松快速地纠正它们。
在某些情况下，样品的几何形状可影响XRF分析，但是通过选择最佳采样面积，研磨或抛光样品或通过压制颗粒，可以很容易地进行补偿。
定量元素分析
XRF光谱法使用经验方法（使用与未知物质相似的标准品的校准曲线）或基本参数（FP）进行定量元素分析。
FP是优选的，因为它允许在没有标准或校准曲线的情况下执行元素分析。这使得分析人员可以立即使用该系统，而无需花费额外的时间为感兴趣的各种元素和材料设置单独的校准曲线。