在设计上，赛默飞世尔尼通手持式X射线荧光光谱仪在不进入测试界面测试时，不会发出任何电离辐射（即X射线）。对于一个给定的辐射源，三个因素决定了人体所接受的辐射剂量：
1受照射时间
受照射的时间越长，人体所接受的辐射剂量也就越大。辐射量与受照射时间成正比。
2与辐射源的距离
离辐射源越近，所受的辐射剂量就越大。所接受的辐射剂量与辐射源的距离的平方成反比。例如，距离辐射源1英尺所接受到的辐射量是距离辐射源3英尺所接受到的辐射量的9倍。因此，当仪器快门打开时，应保证手和身体的各个部位远离仪器的前端，以使所受的辐射量减至最小。
3辐射屏蔽
屏蔽指的是任何介于操作者和辐射源之间的材料。屏蔽材料越多，材质密度越大，所受到的辐射就越少。可选购测试架作为测试样品过程中一种附加的屏蔽装置，反向散射屏蔽附件也十分有效，对于某些应用特别适合。
孕妇使用时应该注意：错误操作与使用会导致辐射暴露。
操作人员对设备安全需负责：使用时，设备应该始终由受过正规培训的操作人员负责。
不使用时，应放到安全地方存放。
测量时，不要将手部接近设备头部。
当检测窗口被物体覆盖时，安全指示灯亮。如果探测器未检测到物体时，不会产生出X射线。